La prima notizia documentata su Pandino risale al 1144, quando la chiesa parrocchiale risultava dipendere da quella di S. Sigismondo di Rivolta d'Adda, dato che indica che il nostro paese all’epoca era probabilmente formato da pochissime case. Il piccolo villaggio sorge in un territorio caratterizzato dalla preminenza di boschi, inframmezzati da pascoli e qualche vigna.
La storia del nostro paese cambia radicalmente quando il signore di Milano, Bernabò Visconti, vi fa costruire uno dei suoi castelli di caccia, intorno alla metà del ‘300. Da quel momento in poi possiamo immaginare che la presenza dei signori milanesi abbia fatto da attrattiva per molte persone che cercavano un luogo sicuro dove stabilirsi, sperando magari di trovare un lavoro presso il castello : la conseguenza fu che Pandino comincia pian piano ad ingrandirsi.
I vari feudatari con il passare del tempo aggiungono altre costruzioni: nel corso del XV secolo gli Sforza ordinano ai pandinesi di costruire la cerchia muraria per proteggere il villaggio dai Veneziani, che ormai erano a pochi chilometri da Pandino. Nel medesimo secolo di fronte al castello viene innalzata la chiesa di S. Marta, la cui funzione iniziale è quella di chiesa collegata al castello, in quanto Bernabò Visconti non aveva voluto una cappella nel suo maniero di caccia. Ai primi decenni del XV secolo risale anche l’apparizione della Madonna del riposo che porta alla realizzazione del santuario a lei dedicato.
I pandinesi non portano a conclusione la costruzione delle mura, che in alcuni punti vengono chiuse con dei terrapieni; i Veneziani ne approfittano , conquistano il borgo per due volte ( anche perché era protetto da pochi soldati ) , perdendolo però dopo la battaglia di Agnadello del 1509; questo fatto non impedisce qualche anno dopo ai Veneziani , uscendo da Crema che era in mano loro, di saccheggiare Pandino.
I francesi non sono stati gli unici stranieri a passare da qui: dopo la fine degli Sforza ( 1535 ) il ducato di Milano passa agli spagnoli e agli inizi del ‘700 agli austriaci, e truppe di tali nazioni sono transitate anche nel nostro territorio; non abbiamo notizie di danni causati alla fine del XVIII secolo dalle truppe napoleoniche.
Agli ultimi anni del ‘700 risale la ricostruzione della nostra parrocchiale in forme neoclassiche, in sostituzione della chiesa medievale ormai rovinata dal tempo.
Nel 1868 Pandino diviene comune unitamente alle frazioni di Nosadello e Gradella, originariamente nella provincia di Lodi- Crema, poi soppressa, quindi in quella di Cremona.
Nel 1928 , dopo un pubblico concorso, viene inaugurato il monumento ai caduti davanti al castello, in occasione del decennale della vittoria italiana nella prima guerra mondiale; ancora oggi avvicinandosi al monumento è possibile leggere sulle lapidi i nomi dei caduti pandinesi di tutte le guerre del XX secolo.
Nel corso della II guerra mondiale, su una delle torri del castello, vengono portati i fili del telegrafo per segnalare al comando germanico il passaggio degli aerei alleati; a quel tempo il castello era abitato da famiglie in affitto, cui si erano aggiunti gli sfollati da Milano.
A partire dagli anni ’50 il castello diventa sede del comune di Pandino.